Cara pengendalian penyakit virus kerdil hampa dan kerdil rumput tanaman padi adalah melalui tindakan preventif terhadap tanaman inang maupun terhadap vektor penularnya ( wereng coklat). Tindakan preventif terhadap tanaman inang (padi) dapat dilakukan dengan cara penanaman serempak, rotasi tanam, menghindari sumber infeksi, dan penggunaan varietas tahan.

Dalam satu hamparan yang sama hendaknya dilakukan tanam serempak. Selain itu, pada hamparan yang sama dilkukan rotasi tanam menggunakan tanaman selain padi (misalnya palawija) secara bersama-sama pula sehingga siklus hama dan penyakit akan terputus.

Untuk menghindari sumber infeksi, dapat dilakukan dengan mengurangi dan menghilangkan sumber inokulum melalui sanitasi lahan dan eradikasi pertanaman terserang virus serta memusnahkan residu/sisa tanaman sakit sebelumnya (terutama singgang dan voluntir tanaman) maupun gulma yang berpotensi sebagai sumber inokulum. Penanaman bibit bebas virus (menjauhkan pembibitan dari sumber inokulum) juga merupakan bagian dari upaya menghindari sumber infeksi.  

Pengendalian dengan penggunaan varietas tahan dapat dilakukan dengan penanaman varietas tahan wereng coklat yang sudah banyak dirilis BB Padi (mis: Inpari 13, Inpari 19, Inpar 31, Inpari 33)  ataupun dengan menggunakan varietas tahan virus. Beberapa varietas seperti  Inpari 2, Inpari 13, IR42, dan Situ Bagendit diketahui mempunyai respon agak tahan terhadap penyakit kerdil hampa dan kerdil rumput.

Tindakan pengendalian penyakit virus kerdil juga harus dilakukan melalui pengendalian terhadap wereng coklat sebagai vektornya. Hal ini dapat dilakukan antara lain dengan pengaturan jarak tanam. Sistem tanam legowo dapat dilakukan selain untuk mengurangi kelembaban pertanaman juga sekaligus mempermudah pengendalian wereng coklat. Tingkat kelembaban yang relatif rendah dapat mengurangi perkembangan populasi wereng coklat.

Pemupukan hendaknya dilakukan sesuai kebutuhan tanaman, karena pemupukan yang berlebih terutama nitrogen akan memicu perkembangan wereng coklat. Untuk mengurangi kelembaban, pengairan juga sebaiknya dilakukan secara berselang. Irigasi intermiten akan mengurangi 50% perkembangan populasi wereng. Selain itu, kegiatan monitoring wereng coklat harus dilakukan secara berkala pada pertanaman di lapangan. Pemasangan lampu perangkap juga dapat digunakan sebagai bagian dari monitoring wereng coklat.

Pengendalian vector penularan penyakit virus (wereng coklat) juga dilakukan menggunakan pestisida nabati maupun agensia hayati seperti  Beauveria bassiana  dan Metarhizium sp., serta memanfaatkan dan memelihara keberadaan musuh alami di lapangan (Parasitoid: Anagrus optabilis, Oligosita,  Paracentrobia andoi, dan Elenchus yasumatsui; Predator: Pseudogonatopus sarawaki, Haplogonatopus sp, Cirtorhinus lividipennis, Micraspis sp, Casnodea sp, Paederus fuscifes, Laba-laba, dan Capung).

Cara pengendalian yang paling akhir dilakukan apabila populasi wereng coklat sudah mencapai ambang kendali adalah dengan menggunakan insektisida. Insektisida yang disarankan adalah yang berbahan aktif Pymetrozine dan Dinotefuran.

Sumber : http://bbpadi.litbang.pertanian.go.id/